Les Membres fondateurs ont confié à l'Institut de la Méditerranée quatre missions principales:

- Une mission de présentation de la réalité méditerranéenne.

- Une mission d'observation et d'évaluation des stratégies et des politiques en Méditerranée.

- Une mission de proposition sur les priorités et les stratégies de consolidation de la grande région euro-méditerranéenne.

- Une mission d'identification et d'instruction de projets multilatéraux.