Avec le soutien de la Communauté et en collaboration avec l'Economic Research Forum (Le Caire), l'Institut anime depuis 1998 le FEMISE, réseau euro-méditerranéen regroupant plus de 70 instituts économiques indépendants des 27 pays euro-méditerranéens, chargés de l'analyse économique du processus de Barcelone. Depuis 1999, trois programmes de recherche se sont succédés. FEMISE 3 a été lancé en 2006, pour quatre ans. Des renseignements plus complets sur les études financées et les instituts membres du réseau se trouvent sur le site Internet réalisé et animé par l'Institut : http://www.femise.org

Dès la création de l'Institut de la Méditerranée, les métropoles ont été au coeur des réflexions et des actions. L'Institut a ainsi participé à l'élaboration et l'animation du "Sommet des villes de la Méditerranée" initié en 1998 par les villes de Marseille et de Lyon et devenu depuis la " Conférence Permanente des villes de la Méditerranée".
Particulièrement attaché à la dimension métropolitaine, l'Institut anime depuis 2003 un réseau de métropoles méditerranéennes associant Séville, Malaga, Valence, Barcelone, Marseille, Grand Lyon, Gènes et Turin.
Ces métropoles, animées par la conviction que la coopération est essentielle pour répondre aux défis urbains et de compétitivité qu'elles partagent, ont mené ensemble des actions concrètes de coopération.
Dans le cadre du programme Interreg III B, elles se sont appuyées sur l'expertise et la capacité de coordination de l'Institut de la Méditerranée pour la réalisation des projets C2M et I2C.
L'enjeu métropolitain est également crucial au Sud de la Méditerranée. L'Institut s'attache à promouvoir une meilleure prise en considération de cet enjeu. A la demande de la Ville de Barcelone, dans le cadre du sommet des Villes et des Régions qui a précédé le sommet des chefs d'Etat Barcelone +10, l'Institut a réalisé le rapport "Les Villes Méditerranéennes 10 ans après Barcelone".

Les Régions Méditerranéennes, comme les métropoles, sont incontournables. Acteurs clés des territoires, leurs projets de coopération ont pu trouver avec l'Institut de la Méditerranée un appui stratégique et opérationnel.
L'Institut a été opérateur transnational des "Ateliers Méditerranéens Interrégionaux- AMI" (Interreg IIc), des "Ateliers de l'Aménagement du Territoire -AMAT" et des "Projets d'Initiative Commune des Régions Méditerranéennes PIC-RM" (Interreg IIIB). Ces projets ont associé des régions sur tout l'Arc Méditerranéen, du Portugal à la Grèce, dans une dynamique de coopération forte.
Au-delà de l'accompagnement des projets, l'Institut de la Méditerranée appuie plus en amont les Régions Méditerranéennes, dans la conception de leurs stratégies.

L'Institut de la Méditerranée s'est associé à ses homologues méditerranéens. Ensemble, ils constituent depuis 2006 le Réseau des Instituts Méditerranéens (RIM), qui réunit le CESPI (Rome), l'IeMED (Barcelone), la Fundacion de las Tres Culturas (Séville), l'Institut Universitaire Européen (Florence) et l'Institut Paralleli (Turin).
Ensemble, les Instituts ont répondu à la demande des Présidents des Régions et ont réalisé le Plan d'Action Stratégique des Régions Méditerranéennes (PARM). Ce Plan d'Action, appuyé par la Conférence des Régions Périphériques Maritimes (CRPM), a contribué à redynamiser la coopération des Régions, sur la base de propositions concrètes afin de relever les défis partagés.
Le RIM continue, en aval de la réflexion stratégique initiale, à soutenir la coopération méditerranéenne, en accompagnant ses acteurs pour l'identification des opportunités et des projets stratégiques.