L'Institut de la Méditerranée est administré par un Conseil d'Administration de quinze membres, au sein duquel siègent de droit les membres fondateurs. Les membres fondateurs et les membres actifs présents au Conseil d'Administration désignent quatre administrateurs au titre de personnalités qualifiées. Le Conseil d'Administration choisit le Président de l'Institut. Il adopte le programme de travail et valide les travaux en vue de leur publication. Un délégué général assure l'exécution du programme de travail. Ce programme de travail est préparé et mis au point par deux conseils : un conseil scientifique et un conseil professionnel.
- Le conseil scientifique : Ce conseil réunit des personnalités du monde universitaire et de la recherche reconnues au plan international pour leur grande connaissance des questions économiques, politiques, juridiques et sociologiques de la Méditerranée dans leur activité scientifique, dans leur activité de conseil ou dans l'exercice de leurs responsabilités gouvernementales.
- Le conseil professionnel : Le conseil professionnel réunit les représentants des institutions régionales chargées plus spécialement des actions de partenariat et de coopération.