L'objectif général de l'Institut de la Méditerranée est d'offrir à ses membres fondateurs un instrument d'analyse, d'expertise et de montage de projets sur la grande région euro-méditerranéenne. Par ses travaux et ses initiatives, l'Institut s'est positionné comme l'un des acteurs incontournables du processus de coopération euro-méditerranéen. Les différentes activités de l'Institut s'organisent autour de deux grandes fonctions complémentaires : la fonction influence et la fonction d'identification et de suivi des projets pour les membres fondateurs.

Les deux activités d'influence et de projet sont fortement complémentaires dans la mesure où les projets incarnent de façon visible l'influence et s'inscrivent dans la mission générale pour l'Institut de faire de ses membres des acteurs incontournables de la construction de la grande région euro-méditerranéenne.

La fonction d'influence s'organise autour de deux grands pôles d'activité majeurs :
- un pôle économique qui réalise la plupart de ses activités au travers du programme Femise et des partenariats avec la Commission Européenne et la Banque Mondiale. Ce pôle contribue à renforcer les capacités d'analyse et d'action des partenaires de l'Institut de la Méditerranée dans la grande région méditerranéenne.
- un pôle territorial qui embrasse l'espace méditerranéen dans son ensemble, nord et sud, dans le but d'éclairer les enjeux territoriaux (transport, métropolisation, innovation, environnement) qui concourent à la compétitivité et à la cohésion de l'espace méditerranéen.

Il s'agit de deux approches complémentaires de la réalité socio-économique à l'échelle du bassin Méditerranéen, en phase avec les préoccupations des membres fondateurs.
Grâce au soutien apporté par la Commission Européenne, l'Institut bénéficie d'une légitimité indispensable pour être entendu des responsables nationaux et européens, en charge des relations entre l'Europe et les pays méditerranéens et des différentes politiques qui touchent le territoire méditerranéen dans son ensemble.