Marseille a pour vocation et ambition de devenir un noeud stratégique pour les relations euro-méditerranéennes. Ville du sud européen la plus tournée vers la mer, plus grand port de fret du pourtour méditerranéen, Marseille est l'une des portes principales de l'Europe sur la Méditerranée. Parmi les 900.000 habitants qui la composent, 11 % viennent du sud et de l'est de la Méditerranée. Cette cité qui accueille la plus forte proportion d'immigrés de toutes les métropoles du bassin méditerranéen, gère avec succès la vie d'au moins vingt communautés différentes. Deuxième ville de France pour le nombre de chercheurs engagés dans la recherche publique, compétente en matière de communication, de transfert de flux marchands, technologiques et financiers, d'accueil, Marseille joue également un rôle important dans les équilibres entre les différentes rives de la Méditerranée.

Pour toutes ces raisons, il a paru évident aux membres fondateurs de l'Institut de la Méditerranée, de localiser cette Institution au coeur de la Cité Phocéenne.