L'Institut de la Méditerranée a pour mission d'appuyer ses membres fondateurs dans la conception de leurs stratégies territoriales et méditerranéennes.

L'Institut accompagne les réflexions du club "Ambition Top 20" créé à l'initiative de la Chambre de Commerce de Marseille Provence. L'objectif de la démarche est, en fédérant les acteurs clés de la Métropole, d'identifier et réaliser les conditions et actions qui permettront à Marseille de rejoindre le classement 20 premières villes européennes.

L'Institut a élaboré le Plan d'Action des Régions Méditerranéennes (PARM). Ce plan, conçu en partenariat avec le Réseau des Instituts Méditerranéens, porté par les Présidents des Régions Méditerranéennes et la CRPM. Le PARM propose une stratégie et des actions communes pour relever les défis de la zone euro-méditerranéenne.

L'Institut de la Méditerranée appuie ses membres fondateurs dans la réalisation de leurs stratégies territoriales méditerranéennes: il conçoit des projets, identifie les financements et contribue à la réalisation de leurs projets stratégiques de coopération territoriale.

L'Institut est intervenu en tant que coordinateur transnational des projets de coopération territoriale AMAT, PIC-RM, C2M et I2C.

A la demande de l'Etat (DIACT), l'Institut a conçu et réalisé le volet "stratégie territoriale" du projet MEDISDEC-STRATMED. Il a, dans ce cadre, élaboré l'étude prospective prospective "Méditerranée 2030".