L'Institut de la Méditerranée a réalisé en 2003, à la demande du Conseil Général des Bouches-du-Rhône, le rapport "La situation des femmes au Sud de la Méditerranée". Ce rapport a permis de dresser un état des lieux et des enjeux exhaustif, du point de vue économique, juridique et sociétale, dans les cinq pays retenus: le Maroc, l'Algérie, la Tunisie, l'Egypte et la Jordanie.
Suite à cette publication, le Conseil Général a demandé en 2004 à l'Institut de la Méditerranée de mettre en place et d'animer un groupe de travail composé de femmes issues de l'immigration et vivant dans le département. L'objectif était de poursuivre la démarche en engageant une réflexion sur la coopération et les dimensions sociétales de la création d'un espace humain intégré en Méditerranée.
Les travaux ont débouché sur plusieurs propositions concrètes visant, au travers de l'action des femmes, à changer les représentations sur l'immigration et son rôle dans le développement territorial du département.
Pour concrétiser les projets, le Conseil Général a souhaité que le groupe jusque-là informel se structure en association. En 2006, les statuts de l'association "Carrefour Marseille-Méditerranée" ont été déposés, témoignant de la volonté de ses membres de contribuer à la mise en oeuvre de leurs propositions.